เพื่อตอบสนองความต้องการของผู้ใช้ที่หลากหลาย กล้องจุลทรรศน์ Nikon Ni จึงทำออกมาเป็น 2 รุ่น ได้แก่
Ni-U เป็นรุ่น manual ซึ่งเข้ากันได้กับอุปกรณ์เสริมที่ใช้มอเตอร์บางรุ่นเท่านั้น เหมาะสำหรับการศึกษาภาพคุณภาพสูงและการถ่ายภาพดิจิทัล
Ni-E เป็นรุ่นที่ใช้ motorized เต็มรูปแบบซึ่งมีประสิทธิภาพสำหรับการทดลองที่ต้องการการควบคุมอุปกรณ์ต่างๆ อย่างครอบคลุม เช่น กระตุ้นการถ่ายภาพด้วยแสงและระบบคอนโฟคอล

Nano Crystal Coat
เป็นการพัฒนาเลนส์กล้อง ป้องกันแสงสะท้อนที่ประกอบด้วยอนุภาคขนาดนาโนเมตร 

Uniformly bright illumination
มีเลนส์  "fly-eye" ซึ่งเหมาะอย่างยิ่งกับระบบไฟส่องสว่างแบบ diascopic ทำให้มีความสว่างสม่ำเสมอ

Fluorescence noise elimination
กลไกในการลดสัญญาณรบกวนที่เป็นของ Nikon ที่อยู่ภายใน filter cubes ทำให้สามารถจับภาพของสัญญาณเรืองแสงที่มีน้อย ให้ได้ contrast และความสว่างที่มากขึ้น